De conformidad al marco legal de la Universidad de San Carlos de Guatemala, su gobierno está constituido por: el Consejo Superior Universitario (CSU), Rectoría y la Junta Electoral Universitaria. El CSU esta integrado por el Rector, quien lo preside, los decanos de las Facultades, un representante del Colegio de Profesionales egresado de la Universidad de San Carlos de Guatemala, que corresponda a cada facultad, un catedrático titular y un estudiante por cada Facultad.
Según la estructura organizativa de la Universidad y de conformidad a la política de desconcentración, la responsabilidad del gobierno universitario ha sido compartida a otros niveles de menor jerarquía tales como Juntas Directivas, Consejos Directivos, Decanos de facultades, Directores de escuelas no facultativas y centros universitarios.